三个月宝宝睡觉总是摇头，可能是由以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能尚未发育完全，会出现摇头的现象，这是一种正常的生理反射。
2.皮肤问题：宝宝的头皮可能会出现湿疹、痱子等皮肤问题，导致瘙痒，从而引起摇头。
3.环境因素：如果宝宝所处的环境温度过高、过低，或者空气过于干燥，也可能会导致宝宝感到不适，从而出现摇头的现象。
4.维生素D缺乏性佝偻病：宝宝体内维生素D不足，会导致钙吸收不良，从而引起神经兴奋性增加，出现多汗、摇头、夜惊等症状。
5.中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛，从而导致摇头。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.保持宝宝的头皮清洁干燥，避免过度摩擦。
2.给宝宝创造舒适的睡眠环境，保持适宜的温度和湿度。
3.及时给宝宝补充维生素D和钙剂。
4.如果宝宝出现耳部疼痛等症状，应及时就医，进行治疗。
如果宝宝摇头的症状持续时间较长，或者伴有其他异常症状，如哭闹、烦躁、睡眠不安等，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以便及时治疗。