口腔长溃疡的原因有多种。一般来说，约20% - 30%的人群会受到复发性阿弗他溃疡的困扰，而其发病原因与多种因素相关。
一、免疫系统因素
自身免疫反应： 当人体免疫系统出现紊乱时，可能会攻击口腔黏膜组织，从而引发溃疡。比如一些自身免疫性疾病患者，如白塞病患者，口腔溃疡往往是其典型症状之一，这类患者体内的免疫系统异常活跃，导致口腔黏膜反复受损出现溃疡。免疫力低下： 当人体整体免疫力低下时，比如长期疲劳、睡眠不足、患有慢性疾病等情况，就更容易受到病原体的侵袭，口腔黏膜的防御能力下降，也就容易长溃疡。例如，长期熬夜的人相对更容易出现口腔溃疡，因为熬夜会使身体免疫力降低，口腔黏膜的修复能力减弱。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 缺乏维生素B族，尤其是维生素B2、B6、B12等，会影响口腔黏膜的正常代谢，导致黏膜抵抗力下降，容易长溃疡。比如长期偏食、挑食的人，很容易出现维生素摄入不足的情况，进而引发口腔溃疡。一般来说，正常成年人每天需要摄入一定量的维生素B族来维持身体正常运转，一旦缺乏就可能出现问题。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔长溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，对维持黏膜的完整性很重要；铁是血红蛋白的组成成分，缺乏铁会影响身体的氧气运输等功能，进而影响口腔黏膜健康。例如，素食者如果不注意补充锌和铁，就容易出现微量元素缺乏，增加口腔长溃疡的风险。
三、局部刺激因素
机械性损伤： 口腔内有残根、残冠、锐利的牙尖等，会不断摩擦口腔黏膜，导致黏膜破损形成溃疡。比如有的患者牙齿有尖锐的边缘，长时间摩擦口腔内壁，就会使局部黏膜受损出现溃疡，这种情况在口腔检查时很容易发现。不良习惯： 长期咬唇、咬颊、咬舌等不良习惯，会反复刺激口腔黏膜，引起黏膜损伤进而长溃疡。还有一些人喜欢吃过热、过烫的食物，也会烫伤口腔黏膜，导致溃疡形成。比如经常咬嘴唇的人，嘴唇内侧容易出现溃疡，而吃火锅时不小心烫到口腔，也会很快长出溃疡。