婴儿畸形的原因包含遗传、药物因素、环境因素、感染性因素、不良生活习惯、辐射等。
一、遗传。这是导致婴儿畸形的常见原因之一。如果父母双方存在染色体异常，那么精子和卵子都可能有缺陷，所形成的受精卵也会受影响，从而导致婴儿出现先天性的发育畸形，例如唇腭裂、多指（趾）畸形等。
二、药物因素。孕妇在怀孕早期若使用了致畸性较强的药物，如妊娠D类药物以及妊娠X类药物，都极有可能造成胚胎发育异常，致使婴儿出生后存在先天性畸形。
三、环境因素。孕妇长期处于化学污染、重金属污染严重的地区，婴儿畸形的概率会显著升高；若长期生活在高原环境，婴儿出现先天性心血管畸形的概率要远比正常孕妇高。
四、感染性因素。孕妇在怀孕期间若有巨细胞病毒感染、弓形虫感染、风疹病毒感染等情况，也可能导致婴儿发育畸形。
五、不良生活习惯。男女双方在怀孕期间若存在抽烟、酗酒等不良生活习惯，会使婴儿发育畸形的概率上升；母亲在孕期内吸入二手烟也有可能造成婴儿畸形。
六、辐射。母亲在孕期若频繁接触放射线，同样可能引起婴儿畸形。
总之，婴儿畸形是多种因素综合作用的结果，需要引起足够的重视，在孕期应尽量避免这些不利因素，以降低婴儿畸形的风险。