衣原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。男性感染衣原体时，可能出现尿道刺痒、灼痛，还可能伴有尿频、尿急，有的会排出少量稀薄的黏液性分泌物，部分人症状可能不明显，持续数周后才被察觉。女性感染衣原体后，宫颈部位易受累，会出现宫颈红肿、糜烂，有黏液脓性分泌物，还可能有阴道分泌物增多、性交后出血等表现，同时可能伴有尿急、尿频等尿道感染症状，部分女性感染后无症状，但仍具传染性。
泌尿生殖系统感染症状
男性泌尿生殖系统： 主要表现为尿道炎症状，初期尿道会有轻度不适，随后出现尿痛、尿道分泌物增多等情况。分泌物多为稀薄状，晨起时可能会在尿道口形成少量痂膜封口现象。女性泌尿生殖系统： 宫颈是常见的感染部位，会出现宫颈炎症和糜烂，白带增多，有时还会有性交后出血的情况，同时可能伴有尿道感染症状，如尿急、尿频等，但很多女性感染后症状不典型，容易被忽视。
眼部感染症状
沙眼衣原体感染眼部： 可引起沙眼，急性期表现为眼红、眼痛、异物感，还伴有较多黏液性或脓性分泌物，结膜充血水肿，乳头增生，滤泡形成。如果治疗不及时转为慢性，可能会出现眼睑内翻、倒睫、角膜混浊等并发症，影响视力甚至导致失明。
呼吸道感染症状
肺炎衣原体感染呼吸道： 儿童感染后多表现为轻症肺炎，起病相对较缓，有咽痛、声音嘶哑等上呼吸道感染前驱症状，之后出现咳嗽，多为干咳，可持续数周，部分患儿可能伴有发热、呼吸困难等症状；成人感染后也可引起肺炎，症状相对较轻，可能有发热、头痛、咽痛、咳嗽等表现。