三个月宝宝睡觉时总是左右摇头，可能是由以下原因引起的：
1.正常生理现象：宝宝的神经系统尚未完全发育成熟，可能会出现一些无意识的动作，包括摇头。此外，宝宝的头部温度可能会比身体其他部位高，摇头可以帮助他们散热。
2.皮肤问题：宝宝的头皮可能会出现湿疹、痱子等皮肤问题，导致瘙痒，从而引起摇头。
3.耳朵问题：宝宝的耳朵可能会受到感染或有耳屎堆积，引起耳部不适，导致摇头。
4.缺钙：宝宝缺钙可能会导致神经兴奋性增加，出现多汗、摇头等症状。
5.环境因素：宝宝睡觉时，如果环境过热、过冷或过于嘈杂，可能会影响睡眠质量，导致摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，且没有其他异常表现，通常不需要过于担心。但如果宝宝摇头频繁，或伴有哭闹、烦躁、睡眠不安等症状，建议及时就医，进行相关检查，以确定原因并采取相应的治疗措施。
此外，家长可以注意以下几点，以帮助宝宝改善睡眠质量：
1.保持适宜的睡眠环境，温度适中，安静整洁。
2.给宝宝选择合适的枕头，以保证头部舒适。
3.注意宝宝的个人卫生，及时清洁头皮和耳朵。
4.按照医生的建议，给宝宝补充维生素D和钙剂。
5.给宝宝提供适当的安抚，如轻拍、拥抱等。
需要注意的是，由于个体差异，每个宝宝的情况可能不同。如果家长对宝宝的睡眠问题有任何疑虑，最好咨询医生的意见。医生可以根据宝宝的具体情况进行详细的检查和评估，并提供个性化的建议和治疗方案。