三个月宝宝睡觉时总是左右摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还没有发育完善，会出现摇头的情况，这是一种正常的生理现象。
2.室内温度过高或过低：室内温度过高或过低，会导致宝宝感觉不舒服，从而出现摇头的情况。
3.宝宝头部出汗：宝宝的头部出汗较多，会导致头部瘙痒，从而出现摇头的情况。
4.湿疹：宝宝的头部、面部等部位出现湿疹，会导致皮肤瘙痒，从而出现摇头的情况。
5.缺乏维生素D：宝宝缺乏维生素D会导致钙吸收不良，从而出现多汗、摇头、夜惊等症状。
6.其他原因：中耳炎、外耳道炎等疾病也会导致宝宝出现摇头的情况。
如果宝宝只是偶尔摇头，没有其他异常表现，一般不需要特殊处理。如果宝宝经常摇头，或者伴有其他异常表现，建议及时带宝宝到医院就诊，明确原因，以便及时治疗。