婴儿黄疸主要是由于胆红素代谢异常，导致血液中胆红素浓度升高引起的。新生儿出生后，体内红细胞代谢产生较多胆红素，而婴儿肝脏处理胆红素的能力尚未完全成熟，这是新生儿生理性黄疸常见的原因，约60%足月儿和80%早产儿会出现生理性黄疸，一般在出生后2~3天出现，4~5天达到高峰，7~10天消退。
生理性黄疸的原因
胆红素生成过多： 新生儿红细胞数量多且寿命短，相比成人更容易被破坏，产生胆红素的量较多。例如，胎儿在宫内处于相对缺氧环境，红细胞数量代偿性增多，出生后氧分压升高，大量红细胞被破坏，胆红素生成增加。肝脏摄取和结合胆红素能力不足： 新生儿肝脏内摄取胆红素的Y、Z蛋白含量低，出生后1周才达到成人水平。同时，肝脏中尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UGT）含量低且活性差，不能有效将未结合胆红素转化为结合胆红素，导致未结合胆红素在体内积聚。
病理性黄疸的原因
感染因素：
- 细菌感染： 新生儿败血症较为常见，细菌产生的毒素会抑制肝脏UGT的活性，还可能破坏红细胞，使胆红素生成增多，同时影响肝脏对胆红素的代谢处理，从而引发黄疸。
- 病毒感染： 如巨细胞病毒感染，可直接损伤肝细胞，导致肝细胞对胆红素的摄取、结合和排泄功能障碍，引起黄疸。
溶血因素：
- 血型不合： 最常见的是ABO血型不合，母亲血型为O型，胎儿血型为A型或B型时，母亲体内的抗A或抗B抗体可通过胎盘进入胎儿体内，引起胎儿红细胞破坏，胆红素生成过多，导致黄疸。这种情况在第一胎也可能发生，黄疸出现时间较早，一般在出生后24小时内。
- 红细胞酶缺陷： 比如葡萄糖 - 6 - 磷酸脱氢酶（G - 6 - PD）缺陷，红细胞膜稳定性下降，容易被破坏，胆红素生成增加，引发黄疸。
胆道闭锁： 这是一种先天性疾病，胆道发育异常导致胆汁排泄障碍，结合胆红素不能正常排出，反流入血，引起黄疸。通常在出生后2周左右出现黄疸，并逐渐加重，同时伴有陶土色大便。其他因素： 如母乳性黄疸，可能与母乳中的某些物质抑制了肝脏UGT的活性有关，一般在出生后1~3个月内仍有黄疸，但婴儿一般情况良好，停喂母乳3~5天后黄疸可明显减轻。