右附件囊肿是否影响怀孕不能一概而论，一般较小的单纯性囊肿可能不影响，约有1/3的女性会在妊娠期发现附件囊肿，其中直径小于5厘米的生理性囊肿通常不影响怀孕；但较大的囊肿或病理性囊肿可能会有影响，大约15%左右的较大附件囊肿可能会阻碍输卵管蠕动或影响卵巢功能从而影响受孕。
囊肿大小与性质的影响
小囊肿且为生理性：直径小于5厘米的生理性囊肿，像黄体囊肿等，多数可随月经周期自行消失，一般不会影响怀孕，定期复查超声观察其变化就行，通常1~2个月复查一次超声看囊肿有无变化。大囊肿或病理性：直径大于5厘米的囊肿，尤其是巧克力囊肿（属于子宫内膜异位症相关囊肿），可能会破坏卵巢组织、影响排卵，还可能导致盆腔粘连，大概30%左右的此类囊肿会对怀孕产生不利影响，需要进一步治疗后再考虑备孕。
对受孕不同阶段的影响
排卵阶段：附件囊肿若影响到卵巢正常排卵，比如囊肿占据卵巢空间，使卵子无法正常排出，那就会直接影响受孕，这种情况下可能需要通过手术等方式处理囊肿后再尝试怀孕。怀孕早期：怀孕早期发现附件囊肿，如果囊肿持续增大，可能会引发卵巢扭转等急腹症，威胁孕妇健康，不过这种情况相对较少见，发生率大约在1%左右；如果是良性囊肿，一般密切观察即可，但要警惕囊肿发生变化。怀孕中晚期：怀孕中晚期时，较大的附件囊肿可能会影响胎儿胎位或者导致孕妇腹部活动受限等情况，不过这种情况也比较少见，发生率低于5%。
不同类型囊肿的具体影响
浆液性囊腺瘤：这是比较常见的良性囊肿，一般小的浆液性囊腺瘤对怀孕影响不大，但如果囊肿较大，可能会阻碍输卵管拾卵等功能，大概20%的较大浆液性囊腺瘤可能会影响受孕几率；如果是交界性或恶性的浆液性囊腺瘤，那对怀孕的影响就更大了，会严重影响生殖系统功能，需要积极治疗原发病后再评估怀孕可能性。黏液性囊腺瘤：黏液性囊腺瘤通常体积可能较大，大的黏液性囊腺瘤同样可能影响输卵管、卵巢的正常结构和功能，进而影响怀孕，一般直径超过10厘米的黏液性囊腺瘤对怀孕的不利影响相对更明显，大约有25%左右的此类囊肿会导致受孕困难。