大便有出血且肛门疼，应前往结直肠肛门外科或肛肠外科进行检查，以明确导致大便出血伴肛门疼痛的原因，并依据不同疾病采取不同处理方式，常见疾病如下：
一、痔疮：痔疮引发出血伴肛门疼痛，可使用痔疮膏和痔疮栓进行治疗，如马应龙痔疮膏、复方角菜酸酯乳膏、复方角菜酸酯栓等。对于痔疮出血，还可口服地奥司明、迈之灵来减轻静脉曲张与水肿，从而降低出血情况。痔疮主要是由于肛门和直肠处的静脉丛曲张形成的病变。其症状除了出血和疼痛外，还可能有肛门坠胀感、异物感等。
二、肛裂：若是陈旧性肛裂，往往需要手术治疗。肛裂通常是因肛管皮肤全层裂开而形成的慢性溃疡，主要表现为肛门疼痛、便血和便秘。
三、肛门肌肉问题：若肛门肌肉存在痉挛或失弛缓的状况，可能需要在肛门周围进行肉毒素注射或进行肛门解痉治疗。
四、肿瘤：直肠和肛门处的肿瘤，如直肠下端的直肠癌或肛管癌等，可能需要手术治疗。若肿瘤处于晚期无法手术，则可能需要放疗或化疗等。这些肿瘤会导致大便习惯改变、便血、腹痛等症状。
五、脓肿：直肠壁内脓肿、肛门周围脓肿引发的破溃、出血，这时可能也需要进行手术、引流等治疗。
总之，当出现大便出血伴肛门疼痛时，要及时就医检查，明确具体病因后进行针对性的治疗，以避免病情延误导致更严重的后果。