巨细胞病毒感染的症状表现因感染人群和感染部位不同而有所差异。对于健康成年人，多数人感染后无明显症状，部分人可能出现类似流感的症状，如发热、乏力、肌肉酸痛等，一般持续1~3周可自行缓解。
一、先天性巨细胞病毒感染症状
宫内感染： 约10%的受感染胎儿会出现症状，可能导致胎儿生长受限，出生时体重低于正常胎儿。还可能出现肝脾肿大、黄疸（皮肤和巩膜发黄）、紫癜（皮肤出现紫色瘀点）等表现。出生后感染： 部分婴儿出生时无症状，但在出生后数周、数月甚至数年才出现症状，可能有智力发育迟缓、听力丧失、视力障碍等问题。
二、婴儿和儿童巨细胞病毒感染症状
无症状感染： 大部分婴儿和儿童感染巨细胞病毒后无明显症状，可通过检查发现体内有病毒存在。有症状感染： 可能出现发热、呼吸道症状，如咳嗽、流涕等，还可能有肝炎表现，如食欲不振、肝大等，少数患儿会出现血小板减少性紫癜。
三、免疫功能低下人群巨细胞病毒感染症状
艾滋病患者： 感染巨细胞病毒后可累及多个器官，如肺部感染时会出现咳嗽、呼吸困难；胃肠道感染可引起腹痛、腹泻、便血等；眼部感染可导致视力下降甚至失明。器官移植受者： 术后感染巨细胞病毒可能影响移植器官功能，如肺部感染会影响呼吸功能，肝脏受累可出现肝功能异常等表现。