慢性粒细胞白血病的病因目前尚未完全明确，但已知与费城染色体形成密切相关。费城染色体是9号染色体长臂上的原癌基因ABL易位到22号染色体长臂的断裂点簇集区形成BCR-ABL融合基因，这个融合基因编码的蛋白具有酪氨酸激酶活性，会导致造血干细胞异常增殖，从而引发慢性粒细胞白血病。
遗传学因素
染色体异常： 约95%的慢性粒细胞白血病患者存在Ph染色体，即t(9;22)(q34;q11)，这是由9号染色体和22号染色体发生易位形成的。这种染色体结构的异常是慢性粒细胞白血病发病的重要遗传学基础。
分子生物学因素
融合基因作用： BCR-ABL融合基因产生的融合蛋白具有持续的酪氨酸激酶活性，它可以激活多种信号传导通路，如RAS-MAPK通路、PI3K-AKT通路等，这些通路的异常激活会使造血干细胞过度增殖、分化受阻，最终导致慢性粒细胞白血病的发生发展。例如，该融合蛋白会促使造血干细胞不断增殖，而不能正常分化为成熟的血细胞。
环境因素相关推测
电离辐射： 长期接触较高剂量的电离辐射可能会增加慢性粒细胞白血病的发病风险。有研究表明，接受过放疗的人群，患慢性粒细胞白血病的几率比普通人群有所升高。不过，目前并没有确凿证据表明单一的环境因素就能直接引发慢性粒细胞白血病，但长期处于不良环境中可能会增加患病的易感性。化学物质接触： 长期接触某些化学物质，如苯及其衍生物等，也可能与慢性粒细胞白血病的发病有关。苯是一种常见的工业有机溶剂，长期接触苯的人群，慢性粒细胞白血病的发生率相对较高。但化学物质导致发病的具体机制还需要进一步深入研究。