甲状腺功能减退的病因较多，其中自身免疫性疾病是常见原因之一，约占所有原发性甲减病因的90%左右。比如自身免疫性甲状腺炎，包括桥本甲状腺炎等，患者自身的免疫系统会错误地攻击甲状腺组织，导致甲状腺激素合成减少。
自身免疫因素导致
分点1：桥本甲状腺炎引发桥本甲状腺炎是最常见的自身免疫性甲状腺疾病，它是由于机体产生了针对甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等。这些抗体持续攻击甲状腺细胞，使得甲状腺逐渐受损，功能减退，一般在30 - 50岁人群中较为多见，女性发病率高于男性。分点2：其他自身免疫性疾病关联除了桥本甲状腺炎，像1型糖尿病、系统性红斑狼疮等其他自身免疫性疾病也可能合并甲状腺功能减退。这是因为这些疾病的免疫系统异常具有一定的相关性，会影响到甲状腺的正常功能。
甲状腺手术相关
分点1：甲状腺切除术后当因甲状腺良性疾病（如甲状腺腺瘤等）或恶性肿瘤进行甲状腺大部分或全部切除术后，甲状腺组织减少，合成甲状腺激素的量就会不足，从而引发甲状腺功能减退。一般来说，甲状腺切除范围越大，发生甲减的概率越高，有的患者在术后数月至数年就可能出现甲减症状。分点2：放射性碘治疗后一些甲状腺功能亢进患者接受放射性碘治疗，放射性碘会破坏甲状腺组织，导致甲状腺细胞受损，甲状腺激素分泌减少。通常在治疗后的几个月到一年内，可能会逐渐出现甲状腺功能减退的情况，而且部分患者可能会发展为永久性甲减。
药物因素影响
分点1：抗甲状腺药物过量如果因甲亢服用抗甲状腺药物（如甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶等）时剂量过大，会过度抑制甲状腺激素的合成，进而引起甲状腺功能减退。在用药过程中需要定期监测甲状腺功能，根据结果调整药物剂量，以避免出现这种情况。分点2：其他药物干扰某些药物也可能影响甲状腺功能，例如含碘的造影剂，在进行一些影像学检查时使用含碘造影剂，可能会暂时影响甲状腺激素的代谢，导致甲状腺功能减退；还有锂剂等药物，长期服用也可能干扰甲状腺激素的合成和释放，增加甲减的发生风险。