三个月宝宝睡觉老是摇头蹬腿，可能与以下因素有关。
1.生理因素：
神经系统发育不完善：宝宝的神经系统尚未完全发育成熟，容易出现兴奋和不自主的运动，包括摇头、蹬腿等。
睡眠环境：如果宝宝的睡眠环境过热、过冷、过亮或过嘈杂，可能会影响其睡眠质量，导致摇头、蹬腿等现象。
生长发育：宝宝在生长发育过程中，骨骼和肌肉会不断发育，可能会出现一些不自主的运动，这也是正常的生理现象。
2.维生素D缺乏：维生素D缺乏会导致宝宝钙吸收不良，引起神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头、蹬腿等症状。
3.湿疹：如果宝宝患有湿疹，皮肤瘙痒会导致其通过摇头、蹬腿等方式来缓解不适。
4.其他：中耳炎、肠痉挛等也可能导致宝宝睡觉不安稳，出现摇头、蹬腿等现象。
针对以上原因，可以采取以下措施。
1.调整睡眠环境：保持宝宝的睡眠环境舒适、安静、黑暗和凉爽。
2.适当安抚：在宝宝睡觉前，可以给其适当的安抚，如轻拍、拥抱等。
3.补充维生素D：如果宝宝缺乏维生素D，应在医生的指导下补充维生素D制剂。
4.治疗湿疹：如果宝宝患有湿疹，应及时治疗，保持皮肤清洁干燥。
5.就医检查：如果宝宝除了摇头、蹬腿外，还伴有其他异常症状，如哭闹、呕吐、腹泻等，应及时就医，进行相关检查，以排除其他疾病的可能。
需要注意的是，每个宝宝的情况都可能不同，如果家长对宝宝的睡眠问题感到担忧，建议咨询医生，以获得更专业的建议和治疗方案。