三个月宝宝睡觉老是摇头蹬腿，可能是正常的生理现象，也可能与维生素D缺乏性佝偻病、湿疹等有关。以下是一些可能的原因和建议：
1.生理现象：
神经系统发育不完善：三个月的宝宝神经系统发育还不完善，容易出现兴奋、激惹等情况，睡觉时可能会出现摇头、蹬腿等动作。
温度不适：如果宝宝睡觉时环境温度过高或过低，可能会导致身体不适，从而出现摇头、蹬腿等现象。
睡前兴奋：如果宝宝在睡前过于兴奋或疲劳，也可能会出现睡觉不踏实、摇头、蹬腿等现象。
2.维生素D缺乏性佝偻病：
病因：维生素D缺乏性佝偻病是由于维生素D摄入不足或缺乏导致钙磷代谢紊乱，引起的一种骨骼病变。宝宝体内维生素D不足，会导致钙吸收减少，从而影响骨骼发育，出现多汗、夜惊、烦躁、摇头、蹬腿等症状。
治疗方法：补充维生素D和钙剂。宝宝出生后2周起，应每日补充维生素D400-800IU，直至2岁。同时，应多晒太阳，促进皮肤合成维生素D。如果宝宝出现明显的佝偻病症状，应在医生的指导下补充钙剂。
3.湿疹：
病因：湿疹是一种常见的皮肤炎症，病因尚不明确，可能与过敏、遗传、环境等因素有关。宝宝皮肤娇嫩，容易受到刺激，出现湿疹。湿疹会导致皮肤瘙痒，从而引起宝宝摇头、蹬腿等现象。
治疗方法：保持皮肤清洁干燥，避免刺激。如果湿疹症状较轻，可以使用保湿霜等护理产品；如果湿疹症状较严重，应在医生的指导下使用药物治疗，如糖皮质激素、抗生素等。
如果宝宝睡觉老是摇头蹬腿的情况持续不缓解或伴有其他异常症状，如哭闹、睡眠不安、多汗、肋骨外翻等，应及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意给宝宝提供舒适的睡眠环境，保持室内温度适宜、空气流通，避免过度包裹。