男性肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占60%~80%。
感染途径之一：上行感染
尿道细菌逆行： 细菌从尿道外口进入，沿尿道上行，经过膀胱、输尿管，最终到达肾盂引发感染。比如，不注意个人卫生，尤其是男性若不经常清洗下体，就容易让细菌有可乘之机。膀胱输尿管反流： 当存在膀胱输尿管反流时，膀胱内的尿液会反流到输尿管甚至肾盂，将细菌也带过去，从而增加肾盂肾炎的发病风险。比如一些先天性尿路畸形的男性可能存在这种情况。
感染途径之二：血行感染
细菌随血液传播： 身体其他部位的感染病灶，比如皮肤感染、扁桃体炎等，细菌可通过血液循环到达肾脏，进而引起肾盂肾炎。例如，皮肤有化脓性感染时，细菌入血后可能转移到肾脏。免疫力低下时易发生： 当男性本身免疫力较低时，如患有糖尿病、艾滋病等疾病，身体抵御细菌的能力减弱，血行感染引发肾盂肾炎的可能性会增大。
感染途径之三：淋巴道感染
淋巴途径传播： 盆腔和腹部的感染可通过淋巴管传播到肾脏周围的组织，进而影响肾盂引发炎症。比如患有盆腔炎的男性相对少见，但如果存在相关情况，也可能通过淋巴道导致肾盂肾炎。肠道感染影响： 肠道的一些感染病灶，其细菌可通过淋巴系统蔓延至肾脏，像肠道有严重感染时，就可能通过淋巴道引发肾盂肾炎。