心肌炎通常是由病毒感染、自身免疫性疾病、药物或毒物等因素引起的。其中病毒感染是最常见的原因，比如肠道病毒中的柯萨奇病毒B组，约占病毒性心肌炎病因的30%~50%。
病毒感染引起
肠道病毒感染： 像柯萨奇病毒B组是引发心肌炎较为常见的肠道病毒，它主要通过消化道传播，儿童和青少年更容易受到这类病毒的侵袭。当人体感染柯萨奇病毒B组后，病毒会直接侵入心肌细胞，引起心肌细胞的炎症反应。呼吸道病毒感染： 流感病毒也是导致心肌炎的常见呼吸道病毒之一。流感病毒感染人体后，可通过血液循环到达心肌部位，引发心肌的炎症损伤。例如，在流感流行季节，部分流感患者可能会出现心肌炎的并发症。
自身免疫性疾病相关
结缔组织病引发： 像系统性红斑狼疮这类结缔组织病，患者自身的免疫系统会错误地攻击自身的心肌组织，从而引发心肌炎。系统性红斑狼疮是一种多系统受累的自身免疫性疾病，多见于育龄女性，其发病与遗传、环境等多种因素相关，当累及心脏时就可能导致心肌炎的发生。类风湿关节炎影响： 类风湿关节炎患者也有发生心肌炎的风险。类风湿关节炎是一种以关节病变为主的慢性自身免疫性疾病，它可通过免疫介导的机制影响心肌，导致心肌出现炎症改变。
药物或毒物因素
某些药物作用： 一些抗肿瘤药物，如阿霉素等，在发挥抗肿瘤作用的同时，可能会对心肌造成损害，引发心肌炎。阿霉素通过嵌入DNA干扰转录过程，抑制RNA合成，在杀灭肿瘤细胞的过程中，也可能对心肌细胞产生毒性作用，导致心肌炎症。毒物接触： 某些毒物也可引起心肌炎，比如酒精。长期大量饮酒的人，酒精会对心肌细胞产生直接的毒性作用，影响心肌的正常结构和功能，逐渐引发心肌炎症，长期酗酒还可能导致酒精性心肌病，其中就包含心肌炎症的病理改变。