多囊卵巢综合征的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。一般认为，遗传因素在其中起到重要作用，约60% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在遗传异常。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么其他成员患病的风险会相对增加。研究表明，遗传因素可能通过影响内分泌调节相关的基因，从而增加患多囊卵巢综合征的几率。比如，某些与胰岛素抵抗、性激素合成相关的基因发生突变或异常表达，就可能引发该病。
内分泌失调因素
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）脉冲频率异常，会导致垂体分泌的促黄体生成素（LH）水平升高，促卵泡生成素（FSH）水平相对降低，LH/FSH比值大于2 - 3。这种失衡会影响卵巢的正常排卵功能，使卵巢持续产生雄激素，进而出现多囊样改变。例如，正常情况下，GnRH是脉冲式分泌来调控垂体分泌激素的，而患者体内这种脉冲式分泌紊乱，就打破了卵巢激素分泌的平衡。胰岛素抵抗相关： 约50% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗。胰岛素抵抗会使机体代偿性分泌更多胰岛素，形成高胰岛素血症。高胰岛素血症又会刺激卵巢分泌更多雄激素，同时还会影响肝脏性激素结合球蛋白的合成，进一步降低性激素结合球蛋白水平，使游离雄激素增多，加重多囊卵巢综合征的症状。比如，胰岛素抵抗会干扰细胞对葡萄糖的摄取和利用，身体为了维持血糖正常，就会分泌更多胰岛素，引发一系列连锁反应。
生活方式因素
饮食不规律与运动不足： 长期高热量、高脂肪、高糖的饮食，加上缺乏运动，容易导致体重增加。肥胖尤其是中心性肥胖（腹部脂肪堆积明显）与多囊卵巢综合征的发生密切相关。体重增加会进一步加重胰岛素抵抗，使内分泌失调情况更严重。例如，经常吃油炸食品、甜食，又很少运动，体重上升后，身体的代谢和激素平衡就被打破。长期精神压力过大： 长期处于高压力状态下，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能。精神压力可通过神经内分泌系统影响激素分泌，导致LH分泌异常等，从而增加多囊卵巢综合征的发病风险。比如，长期工作压力大、精神紧张的人群，患多囊卵巢综合征的可能性相对较高。