耳朵囊肿的引发原因有多种。其中，先天性因素可能是一个方面，比如先天性耳前瘘管感染后就可能形成囊肿，这是由于胚胎发育时期鳃裂闭合不全导致的。另外，外伤也可能引起耳朵囊肿，比如耳部受到撞击等外伤后，局部组织液积聚可能形成囊肿。还有一种情况是炎症刺激，耳部的一些炎症长期存在，反复刺激局部组织，也可能促使囊肿形成。
一、先天性因素相关
先天性耳前瘘管： 这是一种常见的先天性外耳疾病，发病率约为1.2% - 2.2%左右。它是胚胎时期第一、二鳃弓的耳廓原基在发育过程中融合不全所致。瘘管多为单侧，也有双侧的情况，一般开口于耳前，少数可开口于外耳道或耳后等部位。平时可能无症状，但当感染时就会出现红肿、疼痛，甚至形成囊肿、脓肿等情况。
二、外伤因素相关
耳部外伤后： 当耳部受到外力撞击、挤压等外伤时，耳部的小血管可能破裂，局部组织液渗出积聚。如果没有得到及时有效的处理，就可能逐渐形成囊肿。例如，在运动中耳部被球击中，或者头部受到碰撞等情况，都有可能引发耳部囊肿。而且外伤后的耳部囊肿，通常在受伤后的一段时间内逐渐显现出来。
三、炎症刺激因素相关
耳部炎症反复刺激： 像外耳道炎、中耳炎等耳部炎症，如果没有得到彻底治疗，炎症长期刺激耳部的局部组织，会导致组织细胞的代谢和分泌功能发生改变，进而引起局部组织液的异常积聚，最终形成囊肿。例如，慢性中耳炎患者，炎症长期存在，就可能在耳部形成囊肿样病变。而且这类炎症引起的囊肿，往往会伴有耳部的一些炎症表现，如耳部疼痛、分泌物增多等症状。