肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来的，约有90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。
肛周脓肿引发肛瘘
肛周脓肿未及时处理： 当肛门直肠周围发生感染形成脓肿后，如果脓肿没有得到有效的治疗，如没有彻底切开排脓，感染灶持续存在，就容易逐渐形成肛瘘。比如，肛周脓肿发生后，若患者未在早期接受规范的手术切开引流，感染就可能向周围蔓延，进而形成肛瘘。肛周脓肿反复复发： 有些肛周脓肿可能会反复发生，每次复发都会增加形成肛瘘的风险。反复的炎症刺激会使肛周组织不断遭到破坏和修复，最终导致肛瘘的形成。
直肠肛门损伤导致肛瘘
外伤引起： 比如肛门部位受到外力撞击、异物损伤等。当肛门直肠受到外伤后，细菌容易侵入受伤部位，引发感染，若感染未能及时控制，就可能发展为肛瘘。例如，骑跨伤导致肛门直肠受伤，之后如果出现感染，就有引发肛瘘的可能。医源性损伤： 在医疗操作过程中也可能导致肛瘘。比如肠镜检查时操作不当造成直肠肛门损伤，或者是痔疮手术等肛门直肠手术处理不当，都有可能引起感染，进而形成肛瘘。
会阴部手术引发肛瘘
痔疮手术相关： 痔疮手术如果处理不当，比如手术时损伤了肛管直肠周围的组织，或者术后护理不佳导致感染，就容易引发肛瘘。比如传统的外剥内扎术，如果手术操作不精细，损伤了正常的肛周组织，就可能诱发肛瘘。直肠手术相关： 直肠部位的手术，如直肠癌手术等，也有引发肛瘘的风险。手术过程中可能会影响肛门直肠周围的血液循环和组织修复，增加感染的机会，从而导致肛瘘的形成。
其他因素与肛瘘
克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位，在肛门直肠部位发病时，容易并发肛瘘。据研究，约有10% - 20%的克罗恩病患者会出现肛瘘并发症。结核杆菌感染： 结核杆菌感染也可能导致肛瘘。当结核杆菌侵犯肛门直肠部位时，会引起局部组织的炎症和坏死，进而形成肛瘘。不过这种情况相对较少见，但一旦发生，治疗相对复杂。