肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，约90%的肛瘘是因直肠肛管周围脓肿自行破溃或切开引流后处理不当演变而来。
肛周感染因素
肛腺感染： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及细菌侵入而引发感染。感染可蔓延至肛腺，导致肛腺炎，炎症向肛管直肠周围间隙扩散，若未能及时有效控制，就可能形成肛瘘。比如长期久坐、不注意肛周卫生的人群，肛窦更容易积聚粪便等脏物，增加肛腺感染风险。直肠肛管损伤： 外伤、吞咽骨头、金属异物等可损伤肛管直肠，细菌侵入伤口后也可能引发感染，进而形成肛瘘。例如肛门直肠部受外力撞击后，若处理不及时，细菌滋生就可能导致感染扩散形成肛瘘。
特异性炎症影响
结核性肛瘘： 结核杆菌感染是导致特异性肛瘘的常见原因之一。结核杆菌可经血液传播至肛周，引起肛周结核病变，进而发展为肛瘘。这类肛瘘通常病程较长，愈合缓慢，且常伴有其他结核相关症状，如低热、盗汗等。克罗恩病： 克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及肠道各部位。当病变累及肛管直肠时，容易并发肛瘘。其肛瘘特点往往比较复杂，治疗也相对困难，需要综合治疗来控制肠道炎症和肛瘘症状。
其他相关因素
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力较低，容易发生各种感染，包括肛周感染。一旦发生肛周感染，就较易发展为肛瘘，而且肛瘘愈合也相对困难，因为高血糖环境不利于伤口愈合。免疫功能低下者： 像艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人群等，免疫功能受到抑制，对感染的抵御能力减弱。肛周感染后，感染容易扩散蔓延，从而增加肛瘘的发生几率。比如长期服用糖皮质激素治疗自身免疫性疾病的患者，就属于免疫功能低下易患肛瘘的人群。