肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，约90%的肛瘘是因直肠肛管周围脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。比如，肛周脓肿若没有得到及时有效的治疗，脓液引流不畅，就容易导致肛瘘的形成。
肛瘘形成的常见原因
肛周脓肿未规范治疗： 当肛门直肠周围发生感染形成脓肿后，如果没有进行规范的手术引流，脓肿自行破溃或人为切开后，脓腔壁会逐渐形成纤维化的管道，也就是肛瘘的瘘管。一般来说，肛周脓肿发病后1个月左右，就比较容易发展为肛瘘。直肠肛门损伤： 比如意外吞入异物或者肛门直肠受到外伤，像肛门指检时操作不当、肛门镜检查损伤等，都可能使肠道内的细菌侵入伤口，引发感染，进而导致肛瘘。有数据显示，约10%的肛瘘患者是因为直肠肛门损伤后感染所致。
特定人群易患肛瘘的情况
青少年群体： 青少年正处于活泼好动的阶段，肛周皮肤容易受到摩擦等损伤，而且这个时期身体的免疫力相对而言处于一个动态变化的过程，如果局部卫生没做好，就更容易发生肛周感染，从而增加肛瘘的发病风险。比如一些爱运动的青少年，肛周出汗多若不及时清洁，就容易滋生细菌引发感染。患有肠道疾病的人群： 像克罗恩病、溃疡性结肠炎等肠道疾病患者，肠道内的炎症会影响肛门直肠周围组织，使得局部的抗感染能力下降，容易反复发生肛周感染，进而引发肛瘘。这类患者中大约有20% - 30%会并发肛瘘。
不良生活习惯与肛瘘的关系
久坐不动人群： 长时间久坐会导致肛周局部血液循环不畅，肛门直肠部位容易淤血，局部抵抗力降低，细菌容易滋生。比如一些办公室工作人员，每天久坐超过8小时，就比经常活动的人患肛瘘的几率要高。饮食不规律人群： 长期喜欢吃辛辣、油腻食物的人，容易出现便秘或腹泻，而便秘时排便用力会增加肛门直肠的压力，容易损伤肛管直肠黏膜，腹泻时肠道细菌更容易侵入肛门周围组织，这些都为肛瘘的形成创造了条件。有研究表明，长期饮食不规律的人群患肛瘘的概率比饮食规律人群高约50%。