肛瘘主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛瘘是因肛腺感染所致。肛腺开口于肛窦，肛窦易受粪便损伤而引发感染，感染蔓延至肛腺后，会沿着肛管直肠周围间隙蔓延，最终形成肛瘘。
肛周脓肿演变所致
肛周脓肿是肛瘘的重要前驱病变。当肛周脓肿自行破溃或经切开引流后，原发感染灶虽暂时消退，但因引流不畅，内口处仍会持续感染，炎症不断刺激，就会使管道壁结缔组织增生变厚，形成纤维化的瘘管，进而发展为肛瘘。一般来说，肛周脓肿发病后若未得到规范有效的治疗，约有1/3的患者会在数月内形成肛瘘。
直肠肛门损伤引发
外伤是导致肛瘘的一个因素。比如吞咽骨头、金属异物或肛门直肠镜检查时，可能会损伤肛管直肠，细菌由此侵入伤口引发感染，进而形成肛瘘。此外，会阴部手术，像内痔注射不当或手术后感染、产后会阴缝合后感染、前列腺、尿道手术后感染等，也可能波及肛门直肠引发脓肿，最终形成肛瘘。
特异性炎症影响
某些特异性炎症也可能引发肛瘘。比如结核杆菌、放线菌等感染，可形成特殊性肛瘘。结核性肛瘘通常病程较长，局部表现为凹陷性溃疡，分泌物稀薄，可能伴有低热、盗汗、消瘦等全身症状。