肠炎通常是由多种因素引起的，比如感染因素中，细菌感染较为常见，像大肠杆菌感染可能引发约10% - 15%的肠炎病例。
感染因素导致肠炎
细菌感染： 常见的有大肠杆菌、沙门氏菌等。例如，食用被大肠杆菌污染的食物后，细菌会在肠道内繁殖，刺激肠道黏膜，引发炎症反应，出现腹痛、腹泻等症状。病毒感染： 轮状病毒是导致儿童肠炎的常见病毒之一，尤其在秋冬季节高发，可引起约20% - 30%的小儿肠炎，主要表现为腹泻、呕吐等。
自身免疫因素引发肠炎
肠道自身免疫异常： 像溃疡性结肠炎，就是自身免疫机制紊乱导致的肠炎。人体免疫系统错误地攻击肠道黏膜，使得肠道持续处于炎症状态，病程可能较长，有的患者会反复发作，可持续数月甚至数年。克罗恩病： 也是自身免疫介导的肠道炎症性疾病，可累及肠道的任何部位，从口腔到肛门都可能受到影响，会出现腹痛、腹泻、体重下降等多种症状，且容易复发。
饮食因素造成肠炎
不洁饮食： 长期食用不新鲜、被污染的食物，比如变质的水果、受污染的水产品等，其中的有害物质会刺激肠道，引发肠炎。过度饮酒： 酒精会直接损伤肠道黏膜，长期大量饮酒的人，患肠炎的风险比一般人高约2 - 3倍，酒精会破坏肠道的正常屏障功能，导致肠道炎症发生。食物过敏： 有些人对特定食物过敏，如对牛奶中的乳糖不耐受，食用含乳糖的食物后，会引起肠道的免疫反应，出现腹泻、腹痛等肠炎样症状。
药物因素诱发肠炎
非甾体抗炎药： 像阿司匹林等非甾体抗炎药，长期或大量服用时，会抑制肠道内前列腺素的合成，前列腺素对维护肠道黏膜的完整性很重要，缺乏它会使肠道黏膜容易受损，引发肠炎，约有5% - 10%服用此类药物的人会出现肠道炎症相关表现。化疗药物： 癌症患者在接受化疗时，化疗药物可能会损伤肠道细胞，导致肠道黏膜发生炎症，引起腹泻等肠炎症状，不同的化疗药物引发肠炎的概率有所不同，但总体有一定比例的患者会出现。