白塞氏病的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与遗传因素、感染因素以及免疫异常等有关。遗传因素方面，研究发现白塞氏病具有一定的遗传易感性，某些特定的基因位点与白塞氏病的发病相关，有家族史的人群发病风险相对较高。
遗传因素相关
基因关联： 人类白细胞抗原（HLA）基因与白塞氏病的发病密切相关，其中HLA-B51基因在白塞氏病患者中的阳性率明显高于正常人群，大约有50% - 70%的白塞氏病患者携带HLA-B51基因。
感染因素相关
病毒感染： 有研究提示，某些病毒感染可能会诱发白塞氏病。比如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等，这些病毒感染人体后，可能会引起机体的免疫反应失调，从而增加患白塞氏病的风险。细菌感染： 链球菌、结核杆菌等细菌感染也可能与白塞氏病的发病有关。当人体感染这些细菌后，细菌的某些成分可能作为抗原，刺激机体的免疫系统，导致免疫功能紊乱，进而引发白塞氏病相关的炎症反应。
免疫异常相关
免疫系统失调： 白塞氏病患者存在明显的免疫异常，免疫系统会错误地攻击自身的组织和器官。例如，患者体内的T淋巴细胞、B淋巴细胞功能异常，会导致炎症因子如白细胞介素、肿瘤坏死因子等大量释放，引起血管炎等一系列病理改变，从而出现口腔溃疡、生殖器溃疡、眼部病变等白塞氏病的典型症状。自身抗体产生： 部分白塞氏病患者体内会产生自身抗体，这些自身抗体与自身组织成分结合，形成免疫复合物，沉积在血管壁等部位，进一步加重炎症反应，促进白塞氏病的病情发展。