三个月的婴儿睡觉喜欢摇头，可能与以下原因有关。
1.正常的生理现象：三个月的婴儿神经系统发育还不完善，控制能力较差，容易出现摇头、手抖等不自主动作，这是正常的生理现象，随着婴儿的生长发育，这种现象会逐渐消失。
2.皮肤瘙痒：如果婴儿头部出汗较多，或者头皮上有湿疹、痱子等，会导致头皮瘙痒，从而引起婴儿摇头。家长可以检查婴儿的头皮，如有异常，及时处理。
3.维生素D缺乏：维生素D缺乏会导致婴儿钙吸收不良，引起佝偻病，从而出现多汗、摇头、夜惊等症状。家长可以带婴儿到医院检查维生素D水平，如有缺乏，及时补充。
4.中耳炎：中耳炎是婴儿常见的疾病，炎症会刺激中耳，导致婴儿疼痛、瘙痒，从而出现摇头、哭闹等症状。家长可以观察婴儿的耳部，如有异常，及时就医。
5.其他：如外耳道炎、过敏等，也可能导致婴儿睡觉喜欢摇头。
如果婴儿摇头的同时，伴有哭闹、烦躁、睡眠不安等症状，或者症状持续时间较长，建议及时就医，明确原因，以便采取相应的措施。