肠道菌群失调症的症状表现多样。一般来说，约有30% - 50%的患者会出现消化道相关症状。
消化系统症状
腹泻： 这是较为常见的症状之一，每日排便次数可能增多，可达3 - 10次不等，粪便多为稀糊状，有时呈水样便。比如肠道内有益菌减少，有害菌过度繁殖，会影响肠道的正常吸收和分泌功能，导致水分和电解质紊乱，从而引发腹泻。便秘： 部分患者会出现排便困难的情况，大便干结，排便间隔时间延长。这是因为肠道菌群失调影响了肠道的蠕动功能，使得肠道蠕动减慢，粪便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，进而导致便秘。
全身症状
乏力： 患者可能会感到全身没有力气，精神状态不佳。由于肠道菌群失调影响了营养物质的吸收，身体得不到充足的能量供应，就会出现乏力的表现。一般这种乏力感在经过肠道菌群调整后可能会有所缓解。消瘦： 长期肠道菌群失调可能会导致患者体重下降，出现消瘦的情况。因为肠道对营养的吸收出现障碍，身体无法获取足够的营养来维持正常的生理需求，久而久之就会引起体重减轻。
其他表现
腹胀： 患者常感觉腹部胀满不适，尤其是在进食后更为明显。肠道菌群失调会影响肠道的气体代谢，导致气体在肠道内积聚，从而引起腹胀。比如一些产气菌过度繁殖，会产生过多气体，使腹部膨胀。情绪变化： 有研究发现，肠道菌群与大脑之间存在“肠 - 脑轴”，肠道菌群失调可能会影响神经递质的合成和代谢，进而导致患者出现情绪方面的变化，如焦虑、抑郁等。不过这种情况相对较少见，但也是肠道菌群失调可能带来的症状之一。