月经干净三天后同房有怀孕的可能，但不是绝对会怀孕。女性的排卵期受多种因素影响，一般月经周期规律的女性，排卵期通常在下次月经前14天左右，月经干净三天后有可能处于排卵期附近，此时同房怀孕几率相对较高，但不是100%会怀孕，因为排卵可能会受情绪、环境等因素影响出现提前或推迟。
排卵期的计算方式
按月经周期算：对于月经周期规律（28 - 30天左右）的女性，下次月经前14天左右为排卵日，排卵日前后4 - 5天为排卵期。比如月经周期28天，本次月经1号来，那么排卵日大概在14号左右，排卵期就是10 - 19号左右，月经干净三天后可能处于排卵期内。基础体温法：女性排卵后基础体温会升高0.3 - 0.5℃。每天早上醒来后，在未进行任何活动时测量体温并记录，通过体温变化来判断排卵期。如果体温升高且持续几天，说明可能处于排卵期。
避孕的可靠方法
避孕套避孕：正确使用避孕套，避孕成功率较高，能达到90%以上，还能预防性传播疾病。选择正规合格的避孕套，使用时要注意全程佩戴，从同房开始前就戴上，结束后及时取出。口服短效避孕药：规律服用短效避孕药，避孕效果也较好，有效率可达99%左右。但需要按照说明书按时服用，不能漏服，否则可能影响避孕效果。不过有高血压、心脏病、肝肾功能不全等情况的女性不适合服用。宫内节育器：对于已生育且无特殊禁忌的女性，可考虑放置宫内节育器。宫内节育器分为含铜节育器和含药节育器等，避孕有效率较高，一次放置可避孕多年，但放置后可能出现月经紊乱等情况，需要定期复查。
意外怀孕后的处理
及时检测：如果担心怀孕，可在同房后10 - 14天用早孕试纸检测，或去医院抽血查人绒毛膜促性腺激素（HCG）来确定是否怀孕。如果检测出怀孕，想要终止妊娠的话，要在合适的时间选择合适的方式。终止妊娠方式：如果是早期妊娠想终止妊娠，可选择药物流产或人工流产。药物流产适用于妊娠49天内的女性，需在医生指导下服用米非司酮和米索前列醇，但可能存在流产不全等风险；人工流产分为负压吸引术（适用于妊娠10周内）和钳刮术（适用于妊娠10 - 14周），手术有一定的感染、子宫穿孔等风险，术后需要注意休息和护理。