月经干净三天同房是否会怀孕，不能一概而论，需要根据个人的月经周期、经期长短以及排卵情况等因素来综合判断。
一般来说，排卵发生在下次月经来潮前14天左右，排卵前后4-5天为易孕期，其他时间则为安全期。但安全期并非绝对安全，因为排卵可能会受到情绪、环境、健康状况等因素的影响而提前或推迟，甚至可能发生额外排卵。
对于月经周期规律的女性（28天左右），月经干净三天可能还处于安全期，怀孕的几率较小。但如果月经周期较短（小于28天）或经期较长（大于7天），那么排卵可能已经发生，此时同房就有怀孕的可能。
此外，精子在女性体内可存活2-3天，而卵子排出后可存活1-2天，因此即使在安全期，也不能完全排除怀孕的可能。
需要注意的是，安全期避孕法并不可靠，因为排卵时间的不确定性可能导致意外怀孕。如果没有怀孕的计划，建议采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药、宫内节育器等。
对于一些特殊人群，如月经不规律、哺乳期女性或有其他生育问题的女性，安全期避孕法更不可靠，因为她们的排卵时间难以预测。此外，一些疾病或药物也可能影响排卵，导致安全期不安全。
总之，月经干净三天同房是否会怀孕，不能简单地做出判断。如果担心怀孕，建议咨询医生或计划生育专家，了解适合自己的避孕方法。同时，也要注意性生活的卫生和健康，避免不必要的风险。