月经干净三天时进行性行为，一般不会怀孕。但这也不是绝对的，以下是一些需要考虑的因素：
1.排卵时间：女性的排卵时间因人而异，并且可能受到情绪、压力、健康状况等因素的影响。即使月经周期规律，排卵也可能发生在月经干净后的任何时间。
2.精子存活时间：精子在女性体内的存活时间也会影响怀孕的可能性。精子可以在女性生殖道内存活数天，因此在排卵前的性行为仍然可能导致怀孕。
3.其他因素：女性的生殖系统可能存在异常，如输卵管堵塞、排卵障碍等，这些情况也会影响怀孕的机会。
需要注意的是，每个人的身体状况和生理周期都是独特的，没有一种方法可以100%准确预测怀孕的可能性。如果您担心怀孕或有其他相关问题，建议咨询医生或专业的医疗机构，他们可以根据您的具体情况提供更准确和个性化的建议。
此外，对于不想怀孕的人来说，无论在月经周期的哪个阶段，都应该采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药、宫内节育器等，以避免意外怀孕的发生。同时，保持良好的生殖健康习惯，如定期进行妇科检查、均衡饮食、适量运动等，也有助于维护生殖系统的健康。