骨髓炎主要是由细菌等病原体感染引起的。通常来说，约50%以上的急性血源性骨髓炎是由金黄色葡萄球菌引起的。
创伤性因素导致
开放性骨折引发： 当发生开放性骨折时，比如骨折部位皮肤有破损，外界的细菌就容易直接侵入骨骼，从而引发骨髓炎。像一些交通事故导致的骨折，伤口如果没有得到及时有效的清洁处理，就很容易让细菌感染到骨骼。术后感染引起： 在骨科手术后，比如进行了关节置换手术等，如果术后护理不当，伤口出现感染，细菌有可能蔓延到骨骼，引发骨髓炎。一般术后感染导致骨髓炎的概率在一定范围内，比如有研究显示约有1% - 5%的骨科手术后患者会发生骨髓炎相关感染情况。
血源性感染导致
身体其他部位感染扩散： 当人体其他部位有感染病灶时，比如患有疖、痈等皮肤感染性疾病，细菌可能会进入血液循环，随着血液流动到达骨骼部位。例如皮肤疖肿中的金黄色葡萄球菌，可能通过血液循环到达骨骼，在骨骼处定植繁殖，引发骨髓炎。儿童血源性骨髓炎高发： 儿童时期由于骨骼生长活跃，干骺端毛细血管网丰富，血流缓慢，细菌容易在此处停留繁殖。像2 - 10岁的儿童就比较容易发生血源性骨髓炎，因为这个年龄段的儿童身体免疫力相对还不是很完善，血液循环特点又利于细菌停留。
慢性感染迁延导致
原有骨髓炎未彻底治愈： 之前得过骨髓炎，但是治疗不彻底，残留的细菌持续存在于骨骼中，就会导致骨髓炎反复发作，转为慢性骨髓炎。比如有些患者急性骨髓炎治疗后，虽然症状有所缓解，但体内仍有少量细菌潜伏，在身体抵抗力下降等情况下，细菌又会活跃起来，引发骨髓炎复发。长期感染病灶存在： 一些慢性的骨骼感染性疾病，长期不愈，也会不断刺激骨骼，导致骨髓炎持续存在。例如慢性化脓性骨髓炎，会有死骨、窦道等形成，长期不愈合，严重影响患者的健康。