肠胃紊乱时，可根据具体症状选择药物。比如因消化不良导致的肠胃紊乱，可选用促胃肠动力药，像多潘立酮，它能促进胃排空，一般能在一定程度上缓解消化不良引起的肠胃不适，但具体效果因人而异。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的肠胃紊乱，适用于肠道菌群紊乱导致腹胀、腹泻等情况的人群。枯草杆菌二联活菌颗粒： 可补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，对肠胃功能紊乱有一定的调节作用，尤其对儿童因肠胃功能不完善出现的肠胃紊乱有帮助。
缓解胃酸类药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，对于肠胃紊乱中因胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状有较好的缓解作用，可用于治疗胃酸相关性的肠胃不适。铝碳酸镁： 能中和胃酸，还可以保护胃黏膜，当肠胃紊乱出现胃痛、烧心等胃酸相关症状时，服用铝碳酸镁能快速缓解不适，它起效相对较快。
止痛类药物
山莨菪碱： 能缓解胃肠道痉挛引起的疼痛，当肠胃紊乱导致剧烈腹痛时，可在医生指导下使用山莨菪碱来缓解痉挛性疼痛，但青光眼患者等需慎用。颠茄片： 也有解除胃肠道平滑肌痉挛的作用，可用于肠胃痉挛引起的疼痛，不过孕妇、哺乳期妇女等要谨慎使用。