肛门隐隐作痛可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，可导致肛门疼痛。典型表现为疼痛、便秘和出血。
2.外痔发炎：肛门周围皮下脓肿，或肛门裂感染、肛管皮下部炎症均可使肛门局部红肿、疼痛。
3.肛管直肠肿瘤：不管良性还是恶性肿瘤，其表面黏膜感染或直接压迫肛管均可引起肛门疼痛。
4.肛门脓肿或肛门异物：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，可引起肛门疼痛。另外，直肠内误吞入枣核、金属等异物，可刺激肛管而引起疼痛。
5.内痔嵌顿：以胀痛、灼痛为主，多由于痔静脉曲张、肛缘水肿、血栓形成，中医认为，肛门部位受到寒冷刺激，也可诱发内痔形成或加重。
如果出现肛门隐隐作痛，建议及时就医，进行相关检查，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，应注意保持肛门清洁，避免久坐、久站，保持大便通畅，避免食用辛辣刺激性食物。