肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染导致。
肛腺感染引发
肛腺位置： 肛腺位于直肠肛管周围，开口在肛窦处，而肛窦易受粪便损伤引发感染，进而累及肛腺。一旦肛腺感染，炎症会向周围组织蔓延，从而形成肛周脓肿。比如，长期便秘的人，粪便容易擦伤肛窦，就增加了肛腺感染的风险。肛窦损伤： 腹泻时频繁稀便刺激肛窦，或者肛管异物损伤肛窦，都可能让细菌侵入肛腺。据统计，约有八成的肛周脓肿是由肛窦感染波及肛腺所致。
身体免疫力低下因素
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，白细胞的吞噬功能受到影响，容易遭受细菌感染，包括肛周的细菌感染，从而增加患肛周脓肿的几率。比如，血糖长期高于10mmol/L的糖尿病患者，发生肛周脓肿的可能性比血糖正常者高3 - 5倍。长期服用免疫抑制剂人群： 像器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统被抑制，对细菌等病原体的抵御能力减弱，肛周部位就容易受到细菌侵袭引发脓肿。
其他相关因素
肛门直肠损伤： 肛门直肠受到外伤，比如异物损伤、肛门指检操作不当等，会使肠道内的细菌进入肛周组织，引发感染形成脓肿。例如，肛门部位遭受重物撞击后，就可能导致肛周组织受损感染，进而发展为肛周脓肿。肛周皮肤感染： 肛周皮肤发生疖、痈等感染性病变，如果没有及时治疗，感染可能向深部蔓延，波及肛周间隙，引发肛周脓肿。比如肛周皮肤长了一个小疖肿，没有重视，感染扩散后就可能形成肛周脓肿。