肠道功能紊乱时，常用的药物有调节肠道菌群的药物、胃肠动力调节药等。比如益生菌类药物就是常用的，像双歧杆菌三联活菌胶囊等，一般可以调节肠道菌群平衡，改善肠道功能紊乱情况，但具体用药需根据个体情况而定。
调节肠道菌群药物
益生菌类： 像双歧杆菌四联活菌片，它能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，帮助恢复肠道正常菌群环境，一般适用于因肠道菌群失调引起的肠道功能紊乱。不过，对益生菌过敏者禁用。乳酸菌素片： 可以在肠道形成保护层，阻止病原菌、病毒的侵袭，还能刺激肠道分泌抗体，提高肠道免疫力，促进肠道有益菌生长，对肠道功能紊乱有一定调节作用，儿童也可在医生指导下服用，但糖尿病患者要注意，因为乳酸菌素片含乳糖，可能影响血糖。
胃肠动力调节药
多潘立酮： 能促进胃肠道蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状，适用于胃肠动力不足导致的肠道功能紊乱，但孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，可改善消化不良、腹胀、便秘等肠道功能紊乱表现，不过老年人使用时要密切观察，如有不适及时就医。
止泻与通便药物
止泻药： 如蒙脱石散，能吸附肠道内的毒素和病菌，保护肠道黏膜，起到止泻作用，成人和儿童都可使用，但过量服用可能引起便秘。通便药： 乳果糖口服溶液可调节结肠蠕动，增加粪便含水量，缓解便秘，适用于功能性便秘相关的肠道功能紊乱，但半乳糖血症患者禁用，糖尿病患者要慎用。