鼻咽癌的发生是多种因素共同作用的结果。目前研究表明，EB病毒感染是重要的致病因素之一，大约90%以上的鼻咽癌患者体内可检测到EB病毒。此外，遗传因素也起到一定作用，如果家族中有鼻咽癌患者，那么亲属患鼻咽癌的风险比普通人高2~8倍。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 鼻咽癌具有一定的家族聚集现象，若家族中曾有人患过鼻咽癌，其直系亲属需要多留意自身健康状况，定期进行相关筛查。比如有研究发现，在鼻咽癌高发地区，有鼻咽癌家族史的人群患病几率比无家族史人群高不少。基因层面关联： 相关基因的突变或遗传易感性可能增加患鼻咽癌的风险，但具体的基因机制还在不断研究中，不过这从遗传学角度解释了为何家族中有患者时其他人患病风险会升高。
EB病毒感染方面
EB病毒感染途径： EB病毒主要通过唾液传播，比如共同进餐、接吻等都可能导致EB病毒的传播。儿童时期感染EB病毒相对常见，不过多数人感染后能依靠自身免疫力清除病毒，但少数人可能因为病毒持续感染等情况增加患鼻咽癌的风险。EB病毒与癌变过程： EB病毒感染后会影响细胞的正常生长、分化等过程，使得细胞发生异常增殖和癌变，逐步发展为鼻咽癌。不过并不是感染了EB病毒就一定会得鼻咽癌，只是感染EB病毒是鼻咽癌发病的重要相关因素之一。
环境及生活习惯因素
环境致癌物质： 长期处于污染的环境中，比如空气中含有多环芳烃、甲醛等致癌物质，会增加患鼻咽癌的风险。像在一些工业污染较严重的地区，鼻咽癌的发病率相对会高一些。不良生活习惯： 长期吸烟的人患鼻咽癌的几率比不吸烟者高2~3倍。因为烟草燃烧产生的多种有害物质会损伤鼻咽部的黏膜，长期刺激可引发细胞癌变。另外，长期大量饮酒也会对鼻咽部黏膜造成刺激，破坏黏膜的屏障功能，增加患病风险。