鼻咽癌的发生通常与多种因素相关，其中EB病毒感染是重要因素之一，约90%以上的鼻咽癌患者体内可检测到EB病毒。另外，遗传因素也有影响，有家族鼻咽癌病史的人群患病风险比普通人群高2~3倍。
遗传因素方面
家族聚集现象： 鼻咽癌有一定的家族聚集性，若家族中有亲属患过鼻咽癌，其他成员患鼻咽癌的几率会相对升高。比如在一些南方的家族聚居地区，常可见多个亲属相继患鼻咽癌的情况。遗传易感性： 研究发现，某些特定的基因位点与鼻咽癌的易感性相关，携带这些基因位点相关突变的人群，相对更容易受到环境等因素影响而患上鼻咽癌。
环境因素方面
化学致癌物： 长期接触某些化学物质可能增加患鼻咽癌风险。例如长期接触甲醛、多环芳烃类化合物等。在一些化工企业工作的人群，如果防护不当，长期暴露于这类化学物质环境中，患鼻咽癌的几率可能高于普通人群。饮食习惯： 长期食用腌制食品也是一个风险因素。腌制食品中含有较多的亚硝酸盐等物质，在人体胃酸等环境作用下，可能转化为有致癌性的亚硝胺类物质。有调查显示，广东等鼻咽癌高发地区，居民长期食用咸鱼等腌制食品，使得当地鼻咽癌发病率相对较高。
病毒感染方面
EB病毒持续感染： EB病毒是一种疱疹病毒，当人体感染EB病毒后，如果病毒持续感染机体，就可能引发鼻咽部细胞的异常增殖等变化，逐渐导致鼻咽癌的发生。多数鼻咽癌患者体内可检测到EB病毒的DNA或相关抗原，通过检测EB病毒相关抗体等指标，也可作为鼻咽癌辅助诊断的手段之一。