扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，其中约65%的扁平疣与HPV - 3型病毒有关。
病毒感染途径
直接接触传染： 比如与扁平疣患者直接接触，就有可能被感染。比如在学校、家庭等密切接触的环境中，如果有人患有扁平疣，健康人接触了患者使用过的毛巾、脸盆等个人物品，也可能通过间接接触被传染。自身接种传染： 患者自身的搔抓等行为可能导致病毒接种到身体其他部位，从而使扁平疣增多。例如，患者手部有扁平疣，搔抓后病毒可能被带到面部，进而在面部也长出扁平疣。
自身免疫力因素
免疫力低下人群易患： 当人体免疫力较低时，比如长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等情况，身体对HPV的抵御能力下降，就更容易感染扁平疣。像一些长期从事高强度工作、经常熬夜加班的人，相比免疫力正常的人，感染扁平疣的风险会更高。儿童和青少年相对高发： 儿童和青少年的免疫系统还在发育阶段，免疫力相对较弱，所以他们感染扁平疣的几率比成年人更高。尤其是在学校等集体环境中，儿童之间接触频繁，更容易相互传染。
皮肤屏障功能影响
皮肤破损易感染： 皮肤如果有微小破损，比如被指甲划伤、蚊虫叮咬后的破损等，HPV就更容易侵入皮肤引发感染。比如皮肤被划伤后没有及时处理，此时接触到HPV病毒，就可能感染扁平疣。特殊皮肤状态人群： 患有湿疹、银屑病等皮肤疾病的人群，皮肤屏障功能受损，也更容易感染扁平疣。这些皮肤疾病会破坏皮肤的正常结构和功能，使得HPV更容易入侵并引发扁平疣。