脸上长扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，其中HPV - 3型是主要的致病类型。大约有65% - 70%的扁平疣患者是因为直接或间接接触了被HPV污染的物品而感染发病的。
病毒传播途径：
直接接触传播： 比如与扁平疣患者密切接触，像一起握手、共用毛巾等，就有可能被传染上HPV。如果自身皮肤有细微破损，就更容易让病毒侵入并引发扁平疣。间接接触传播： 接触被HPV污染的物品，比如在公共浴池、游泳池等场所接触到被病毒污染的毛巾、拖鞋等，也可能感染HPV从而长扁平疣。
自身免疫力因素：
免疫力低下人群易发病： 当人体免疫力比较低的时候，比如长期熬夜、过度劳累、患有某些慢性疾病等情况，身体对HPV的抵御能力下降，就更容易感染HPV长扁平疣。例如，长期熬夜的人，身体内分泌和免疫系统功能会受到影响，这时候感染HPV长扁平疣的几率就会增加。儿童和青少年相对高发： 儿童和青少年的免疫系统还在发育阶段，相对比较脆弱，所以他们感染HPV长扁平疣的概率比成年人更高一些。比如在学校等集体环境中，儿童之间接触频繁，更容易相互传染。
皮肤外伤因素：
皮肤破损易感染： 皮肤出现微小的破损，像划伤、擦伤等，会使皮肤的屏障功能受损，这时候HPV就更容易侵入皮肤细胞并繁殖，从而引发扁平疣。比如在日常生活中，不小心被树枝划伤了皮肤，如果接触到了HPV，就可能长扁平疣。搔抓引发自身接种： 如果长了扁平疣后用手搔抓，病毒会随着搔抓部位的皮肤破损而接种到其他部位，导致扁平疣在自身其他部位扩散，使疣体数量增多。比如本来只有一个扁平疣，搔抓后可能在搔抓部位周围又长出新的扁平疣。