人脸上长扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，尤其是HPV - 3型等亚型病毒。一般来说，人体皮肤出现微小破损时，HPV就容易入侵并感染上皮细胞，进而导致扁平疣的发生。
病毒感染途径
直接接触传染： 比如与扁平疣患者直接接触，像握手等，就有可能被传染上HPV。不过这种直接接触传染的概率相对不是特别高，但如果皮肤有破损，就会增加感染风险。间接接触传染： 通过接触被患者污染的物品，例如共用毛巾、衣物等，也可能感染HPV。比如在公共浴室、游泳池等场所，接触到被患者污染的物品后，就有感染的可能。
自身免疫力因素
免疫力低下人群易感染： 当人体免疫力比较低的时候，比如长期熬夜、过度劳累、患有某些慢性疾病等情况，身体对HPV的抵御能力下降，就更容易感染扁平疣。例如，长期熬夜的人，身体免疫力会受到影响，比作息规律的人更易感染HPV引发扁平疣。儿童和青少年相对更易长： 儿童和青少年的免疫系统还在发育阶段，相对比较脆弱，所以他们感染HPV长扁平疣的几率比成年人相对高一些。这是因为他们的免疫系统对HPV的清除能力不如成年人完善。
皮肤屏障功能影响
皮肤破损易引发感染： 皮肤如果有微小的破损，比如被指甲划伤、蚊虫叮咬后抓挠导致的小破损等，这时候HPV就容易侵入皮肤细胞。一旦侵入，就会在皮肤细胞内复制繁殖，从而引起扁平疣的发生。例如，手部被划伤后没有及时处理，就可能因为HPV感染而长出扁平疣。皮肤油脂分泌等因素： 皮肤油脂分泌旺盛等情况也可能影响皮肤屏障功能。如果皮肤油脂分泌过多，可能会改变皮肤的微环境，使皮肤更容易受到HPV的侵袭。比如油性皮肤的人，如果皮肤屏障功能因为油脂分泌等原因受损，就比干性皮肤的人相对更易感染HPV长扁平疣。