肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来的，大约有超过一半的肛瘘患者是因肛周脓肿没有得到及时有效的治疗，脓液自行破溃或经切开引流后，脓腔逐渐缩小，形成纤维性管道即肛瘘。
肛周脓肿引发肛瘘
肛周脓肿未规范处理：当肛门直肠周围发生感染形成脓肿后，如果脓肿没有被彻底清除，炎症持续刺激，就会使局部组织反复感染、破溃，进而形成肛瘘。比如肛周脓肿发生后，若只是简单切开排脓，没有彻底处理内口，很容易导致肛瘘形成。肛周脓肿的感染源：大部分肛周脓肿是因肛腺感染引起的。肛腺开口于肛窦，肛窦易受粪便损伤而引发感染，感染蔓延至肛腺后，会引起肛腺炎，进而向肛管直肠周围间隙扩散形成脓肿，若不及时控制，就可能发展为肛瘘。
直肠肛门损伤导致肛瘘
外伤引起：肛门直肠部位受到外伤，如异物损伤、肛门直肠手术损伤等，若处理不当，细菌容易侵入伤口引发感染，进而形成肛瘘。例如，做肛门直肠手术时，如果手术操作不当损伤了肛管直肠组织，术后护理不佳，就可能引发感染形成肛瘘。医源性损伤：一些医疗操作也可能导致肛瘘，比如肠镜检查时如果造成了直肠黏膜损伤，且没有及时发现和处理，也有可能引发感染形成肛瘘。
特异性炎症疾病相关
克罗恩病：这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位，在肠道发生炎症、溃疡等病变后，容易波及肛门直肠周围，引发肛瘘等并发症。有研究表明，约10% - 20%的克罗恩病患者会并发肛瘘。溃疡性结肠炎：如果溃疡性结肠炎病情较重，炎症累及到直肠周围组织，也可能导致肛瘘的发生。长期的肠道炎症刺激会使肛周组织反复发炎，增加肛瘘形成的风险。