肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来，约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。
肛周脓肿引发肛瘘
肛周脓肿未及时规范治疗： 当肛门直肠周围发生感染形成脓肿后，如果没有得到有效的控制，脓肿自行破溃或者被人为切开引流，但是原发的感染源（如肛腺感染）依然存在，感染就会在肛管直肠周围持续，进而形成肛瘘。比如，肛周脓肿若在1个月内没有得到妥善处理，发展为肛瘘的概率会明显增加。肛周脓肿类型影响： 低位肛周脓肿相对更容易形成简单的肛瘘，而高位、复杂性的肛周脓肿则更易发展为复杂的肛瘘。低位肛周脓肿通常病变位置较浅，若处理不当，感染蔓延形成肛瘘的路径相对单一；高位肛周脓肿病变位置深，感染扩散范围广，形成的肛瘘管道往往更复杂，可能有多条分支。
感染因素导致肛瘘
肛腺感染是主因： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便污染引发感染，感染进而蔓延至肛腺。肛腺一旦感染，会向周围组织扩散，形成肛管直肠周围脓肿，若脓肿破溃就会形成肛瘘。儿童肛腺发育相对活跃，且肛门局部卫生易受影响，所以儿童患肛瘘也多与肛腺感染有关。肠道细菌感染： 肠道内的大肠杆菌等细菌是引发肛周感染的常见病菌。当肠道细菌通过肛窦等部位侵入肛周组织时，会引起炎症反应，反复的炎症刺激使得肛周组织发生病理性改变，逐渐形成肛瘘。例如，长期腹泻的人，肠道细菌频繁刺激肛门周围，增加了肛瘘的发病风险。
其他相关因素
免疫力低下人群： 患有糖尿病等基础疾病的人，由于自身免疫力较低，对感染的抵抗力减弱，更容易发生肛管直肠周围感染，进而发展为肛瘘。据统计，糖尿病患者患肛瘘的概率比正常人高2 - 3倍。因为高血糖环境有利于细菌生长繁殖，且机体的修复能力下降，感染不易控制。肛门损伤： 肛门部位受到外伤，如异物损伤、肛管直肠手术损伤等，会破坏肛门周围的正常组织结构，使细菌容易侵入，增加了肛瘘的发生几率。比如，肛管直肠手术过程中，如果操作不当损伤了周围组织，术后感染就可能引发肛瘘。