肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来的，约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。
肛周脓肿引发肛瘘
肛周脓肿形成过程：肛门腺感染是引发肛周脓肿的常见原因，肛门腺开口于肛窦，肛窦易受损伤及细菌侵入而引发感染，感染可蔓延至肛周皮下、肛管直肠周围间隙等部位形成脓肿。比如，当身体抵抗力下降时，肛窦内的细菌大量繁殖，就容易引发感染，进而形成肛周脓肿。脓肿破溃或切开后：肛周脓肿若未能得到及时有效的治疗，脓肿会逐渐增大，自行破溃或经切开引流后，脓腔壁会形成结缔组织增生的管壁，也就是瘘管，从而形成肛瘘。一般脓肿破溃后1 - 3个月左右，就可能逐渐形成慢性的肛瘘管道。
特异性炎症导致肛瘘
结核性肛瘘：结核杆菌感染也可能引起肛瘘。结核杆菌可通过血行传播等途径到达肛管直肠周围组织，引发结核性炎症，进而形成肛瘘。结核性肛瘘通常病程较长，病情相对较为复杂，患者可能同时伴有低热、盗汗、乏力等全身症状。克罗恩病引起肛瘘：克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及肠道各部位，当累及肛管直肠时，也可能导致肛瘘的形成。克罗恩病引发的肛瘘往往具有多发性、复杂性的特点，治疗相对困难，且容易复发。
其他因素与肛瘘形成
直肠肛管外伤：直肠肛管部位的外伤，如枪弹伤、锐器伤等，若损伤了肛管直肠组织，细菌可从伤口侵入，引发感染，进而形成肛瘘。例如，会阴部受到外力撞击等导致肛管直肠受伤后，就有发生肛瘘的风险。溃疡性结肠炎影响：溃疡性结肠炎是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，病变主要累及直肠和结肠黏膜。当病情累及肛管直肠周围时，炎症可能蔓延，导致肛瘘的形成。不过，这种情况相对较少见，但一旦发生，也会给患者带来较大的困扰。