肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来，约 90%的肛瘘是因肛周脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。
肛周脓肿引发肛瘘
肛周脓肿未得到有效控制： 当肛门直肠周围发生感染形成脓肿时，如果脓肿没有及时彻底治愈，脓肿自行破溃或者人为切开引流后，脓腔壁会逐渐形成纤维化的管道，也就是肛瘘的瘘管。一般来说，肛周脓肿发病后的几周内，就可能逐渐发展为肛瘘。脓肿位置与肛瘘类型相关： 肛周脓肿发生的位置深浅不同，形成的肛瘘类型也不一样。低位肛周脓肿相对容易形成简单的肛瘘，而高位肛周脓肿更易形成复杂的肛瘘，高位肛瘘的瘘管走行往往比较曲折，治疗起来也相对复杂。
直肠肛门损伤导致肛瘘
外伤引起肛瘘： 比如肛门部位受到外来的暴力损伤，像异物刺伤、肛管直肠器械检查时造成的损伤等。如果损伤没有得到正确及时的处理，细菌就容易侵入损伤部位，引发感染，进而形成肛瘘。一般在肛门直肠受到外伤后的数周或数月内，可能会出现肛瘘相关症状。医源性损伤引发： 在一些医疗操作中，比如肠镜检查时操作不当损伤了肛管直肠，或者是痔疮手术等肛肠手术处理不当，都有可能导致肛瘘的形成。这类医源性肛瘘的发生概率相对较低，但一旦出现，也需要及时处理。
直肠肛管癌相关因素
肿瘤影响引发肛瘘： 直肠肛管癌患者有时也可能出现肛瘘样表现。肿瘤组织生长过程中，会破坏肛管直肠组织，导致局部感染，进而形成瘘管。不过这种情况相对比较少见，一般在直肠肛管癌确诊后，通过进一步检查能发现同时存在肛瘘问题。肿瘤治疗相关因素： 直肠肛管癌患者在接受放疗、化疗等治疗过程中，也可能因为治疗导致局部组织损伤，增加了感染的风险，从而诱发肛瘘。放疗引起的组织损伤可能需要较长时间恢复，在此期间容易出现感染相关的肛瘘问题。