肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来，约90%的肛瘘与肛管直肠周围脓肿有关。
肛周脓肿未得到有效处理导致
肛管直肠周围脓肿是因肛腺阻塞感染形成脓肿，若脓肿自行破溃或经切开引流后，脓腔壁会形成纤维化的管道，也就是瘘管，进而发展为肛瘘。比如肛周脓肿发生后，没有及时进行规范的治疗，就很容易迁延不愈形成肛瘘。
特定疾病引发
- 克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位，当累及肛管直肠时，也可能引发肛瘘。克罗恩病导致肛瘘的机制较为复杂，与肠道的炎症、免疫反应等多种因素相关，这类患者的肛瘘往往比较复杂，治疗也相对困难。
- 溃疡性结肠炎： 是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，主要累及直肠和结肠。当病情累及肛周时，也有引发肛瘘的可能，不过相对来说，由溃疡性结肠炎引发肛瘘的概率比克罗恩病要低一些，但也需要重视。
肛门损伤造成
- 外伤： 比如肛门部位受到外力的撞击、硬物的刺伤等，会导致肛门直肠部位受损，如果损伤没有得到妥善处理，细菌容易侵入，进而引发感染，逐步形成肛瘘。例如，工作中不小心被铁器刺伤肛门，之后若护理不当就可能增加肛瘘风险。
- 医源性损伤： 在一些医疗操作过程中，也可能导致肛门直肠损伤从而引发肛瘘。比如直肠指诊时用力不当、肛肠手术中操作失误等，如果损伤后没有做好抗感染等后续处理，就可能引发感染形成肛瘘。