甲状腺功能减退（简称甲减）的发生原因有多种。其中，自身免疫性疾病是常见因素之一，像慢性淋巴细胞性甲状腺炎（也叫桥本甲状腺炎），约占甲减病因的90%左右。
自身免疫因素
自身免疫性甲状腺炎： 当人体自身免疫系统出现异常时，会错误地攻击甲状腺组织。例如桥本甲状腺炎，自身产生的抗体如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等，会破坏甲状腺细胞，影响甲状腺激素的合成和分泌，从而导致甲减。这种情况在女性中的发生率相对较高，尤其是30 - 50岁的女性。其他自身免疫病关联： 一些其他自身免疫性疾病也可能与甲减相关，比如1型糖尿病、系统性红斑狼疮等，这些疾病都可能影响甲状腺的正常功能，增加甲减发生的风险。
甲状腺手术或放射性碘治疗后
甲状腺手术： 如果因甲状腺结节、甲状腺癌等疾病进行了甲状腺部分或全部切除手术，那么剩余的甲状腺组织可能无法产生足够的甲状腺激素来维持身体正常需求，从而引发甲减。一般来说，甲状腺全切术后，约50% - 70%的患者在术后1年内会发展为甲减，需要终身补充甲状腺激素。放射性碘治疗： 放射性碘（如¹³¹I）治疗甲亢时，碘会被甲状腺细胞摄取，破坏过度增生的甲状腺细胞来治疗甲亢，但也可能导致甲状腺组织受损过多，使得甲状腺激素分泌不足，进而出现甲减。通常在放射性碘治疗后几个月到几年内可能逐渐出现甲减，且随着时间推移，甲减的发生率会逐渐升高。
药物影响
某些药物： 一些药物可能会影响甲状腺功能导致甲减。比如胺碘酮，它含有较高的碘，长期服用可能干扰甲状腺激素的代谢，影响甲状腺的正常功能。还有锂剂，常用于治疗精神疾病，长期使用锂剂可能抑制甲状腺激素的合成，增加甲减的发生风险。另外，一些含碘的造影剂在进行造影检查时使用，也可能在短时间内影响甲状腺功能，导致甲减的短暂出现，但多数情况下是可逆的。
先天性因素
先天性甲状腺发育异常： 胎儿在发育过程中，甲状腺发育出现异常，如甲状腺缺如或发育不全，会导致甲状腺激素合成不足，从出生后就可能出现甲减，这种情况需要尽早发现并进行甲状腺激素替代治疗，否则会影响孩子的生长发育和智力发育。先天性甲状腺激素合成障碍： 由于遗传等因素，孩子体内存在甲状腺激素合成相关酶的缺陷，使得甲状腺激素不能正常合成，从而引发甲减，这种情况也需要通过检测甲状腺功能来早期发现并进行相应治疗。