三个月的宝宝睡觉总是摇头，可能是以下原因：
一、缺钙：宝宝生长发育过程中对钙的需求较大，如果钙摄入不足导致缺钙，宝宝晚上睡觉时不仅出汗多，还会出现睡眠不安稳、哭闹、易惊醒以及总是摇头等现象。这是因为缺钙会影响神经系统的正常功能，进而引起宝宝的不适和异常表现。
二、皮疹：部分宝宝由于是过敏体质，临床上可能出现湿疹，同时因内热重、出汗多容易长痱子。这些情况会导致皮肤瘙痒，使得宝宝在睡觉时因难受而经常摇头。例如，湿疹会让宝宝的皮肤出现红斑、丘疹、水疱等，伴有明显瘙痒；痱子则会在皮肤表面形成小丘疹或小水疱，也会引起瘙痒感。
三、室内温度过高：如果室内温度太高，会致使宝宝在睡觉过程中出汗较多。一旦头部出汗过多，宝宝睡觉时就会因不舒服而出现摇头现象。比如，温度过高会让宝宝感到燥热，影响睡眠质量，从而通过摇头来表达不适。
总之，当发现三个月宝宝睡觉总是摇头时，需要综合考虑以上可能的原因，并采取相应的措施，如合理补钙、处理皮疹、调节室内温度等，以改善宝宝的睡眠状况。