三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起的：
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统和内耳尚未完全发育，可能会出现摇头、手抖等现象，这是正常的生理反应。
2.湿疹：宝宝头部出汗较多，容易导致湿疹，从而引起瘙痒，导致宝宝摇头。
3.缺钙：宝宝缺钙时，会出现多汗、烦躁、睡眠不安等症状，从而导致宝宝摇头。
4.其他：宝宝可能会因为环境温度过高、衣物过多、睡眠姿势不适等原因而出现摇头的现象。
此外，如果宝宝除了睡觉摇头，还伴有哭闹、夜惊、多汗等症状，可能是由于缺乏维生素D引起的佝偻病。建议及时带宝宝去医院就诊，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持宝宝头部清洁，勤换衣物，避免过度保暖，选择舒适的睡眠环境，以提高宝宝的睡眠质量。