孕40天流产的处理需依据流产方式、孕妇身体状况以及复查结果来决定。特别是对于流产不全的女性，要妥善安排药物调理或清宫手术，以避免对子宫恢复产生不利影响。
一、自然流产：
1.怀孕40天自然流产后，要持续观察出血的量与时间。等到出血干净后，应及时前往医院进行彩超复查，以判断是否流产完全。
2.若提示宫腔内残留物较多或存在流产不全的情况，建议安排清宫手术。这是因为若不及时处理，可能会导致出血时间延长，同时还会增加宫腔内感染的风险。
3.在清宫手术后，需注意充分休息，严禁性生活。必要时还需遵医嘱使用甲硝唑片进行抗感染治疗，以降低术后感染的几率。
二、人工流产：
1.如果是意外怀孕40天进行流产手术，首先要到医院进行全面检查，以评估女性的身体情况，从而确定流产的方案。
2.在确诊为正常宫内孕后，可以预约药物流产或无痛人流手术。但流产前要做好相应准备，流产后要多休息，以防出现宫腔内感染。
3.术后还可遵医嘱使用益母草颗粒，其能促进子宫收缩，有助于改善腹痛、出血等现象。
总之，孕40天流产后要根据具体情况进行妥善处理，以保障孕妇的身体健康和子宫的良好恢复。