肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，大约90%的肛周脓肿与肛腺阻塞感染有关。肛腺开口在肛窦处，肛窦易受粪便损伤引发感染，进而波及肛腺，导致肛腺炎，炎症蔓延就可能形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的异物、粗糙粪便等容易损伤肛窦，比如经常便秘的人，干结的大便通过肛管时就容易擦伤肛窦，从而为细菌入侵创造条件。据统计，约有85%的肛周脓肿起始于肛窦感染。肛腺阻塞： 肛腺分泌的液体起到润滑肛管的作用，但如果肛窦发生炎症，水肿等情况可能导致肛腺导管阻塞，使得肛腺内分泌物积聚，滋生细菌，引发感染。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的抵抗力下降，容易受到细菌感染，发生肛周脓肿的风险比正常人高。据研究，糖尿病患者肛周脓肿的发生率是正常人的2 - 3倍。长期使用免疫抑制剂人群： 比如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统被抑制，对细菌的抵御能力减弱，容易患上肛周脓肿。
局部卫生因素
不洁生活习惯： 不注意肛门局部清洁，粪便残留容易滋生细菌。例如，有些人便后不用温水清洗肛门，就会增加肛周感染的几率。肛周皮肤破损： 搔抓肛周皮肤、肛周皮肤受到外伤等情况，都可能让细菌侵入，引发感染进而导致肛周脓肿。比如肛周皮肤有湿疹时，患者搔抓后皮肤破损，就容易引发感染形成脓肿。