肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是由肛腺感染发展而来。肛腺开口于肛窦，当粪便干结等原因导致肛窦损伤时，细菌就容易侵入肛腺，引发肛腺炎，炎症向周围蔓延就可能形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 比如长期腹泻或者便秘，粪便容易刺激肛窦，导致肛窦黏膜受损，像每天有超过3次腹泻或者长期便秘超过2周，就容易使肛窦受伤，从而增加肛腺感染风险。粪便残留： 若粪便残留在肛窦内，细菌会在残留粪便里繁殖，不断侵袭肛腺，一旦肛腺被细菌持续感染，就可能引发肛周脓肿。
免疫力低下因素
糖尿病患者： 糖尿病患者血糖控制不佳时，身体抵抗力下降，白细胞的杀菌能力减弱，更容易受到细菌感染，据统计，约有10% - 20%的肛周脓肿患者合并糖尿病。长期使用免疫抑制剂者： 像器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统被抑制，对细菌的抵御能力变弱，感染肛周脓肿的几率比正常人高很多。
其他感染蔓延因素
肛管直肠周围组织感染： 比如直肠炎、结肠炎等炎症如果蔓延到肛周组织，也可能引发肛周脓肿。另外，肛门周围的皮肤感染，像毛囊炎等，如果炎症进一步扩散，也有可能波及到肛管直肠周围间隙，导致肛周脓肿形成。血行感染： 虽然比较少见，但身体其他部位的感染病灶通过血液循环传播到肛周，也可能引起肛周脓肿，不过这种情况占比不到5%。